Label-free是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关。因此，蛋白质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来，从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种，第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法。但是主要的原理是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。
（1）适合大样本量的定量比较，对无法用标记定量实现的实验设计，用Label-free技术；
（7）要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息。
（2）样品信息：需详细说明样品来源、含量、状态及其他基本信息。
（1）实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。
①Label-free定量：包括定量信息统计、蛋白质定量结果及肽段定量统计；
②功能注释：包括GO注释、COG注释和Pathway代谢通路注释；
③差异蛋白的富集分析：包括差异蛋白的GO富集分析和差异蛋白的Pathway富集分析。
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