SWATH（Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra）是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。SWATH采集模式将扫描范围划分为以25 Da为间隔的一系列区间，通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，是 MS/MSALL技术的扩展。SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术，同时也大大提高了定量的可重现性。
（1）灵敏度高：SWATH技术利用高分辨率的TripleTOF 5600 +系统，达到了与MRM相当的定量灵敏度；
（2）重复性好：重复样品间的定量相关性可达到0.99以上；
（3）定量准确度高：定量准确度几乎与MRM技术相当；
（5）通量大：一次实验可检测到2000种以上蛋白并定量。
（6）要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息。
（2）样品信息：需详细说明样品来源、含量、状态及其他基本信息。
（1）实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。
①SWATH参考谱图数据库构建：通过DDA模式的扫描结果，谱图数据库构建、全谱鉴定及结果可靠性评估；
②SWATH定量：根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量，SWATH结果可靠性分析，差异表达分析，层次聚类，PCA分析等；
③蛋白质功能注释：包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析；
④差异蛋白功能富集：包括GO富集、Pathway富集；
⑤差异蛋白网络互作：基于STRING 数据库的PPI分析，基于Cytoscape的可视化展示。
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