三、案例分析：3.1案例一：蛋白质组+转录组参考文献：Cabezas-Wallscheid N ,Klimmeck D, et al. Identification of Regulatory Networks in HSCs and Their Immediate Progeny via Integrated Proteome, Transcriptome, and DNA Methylome Analysis[J]. Cell Stem Cell , 2014 , 15 (4) :507-22文章内容：文章针对造血干细胞（hematopoietic stem cells，HSCs)及四种多能祖细胞群（multipotent progenitor，MPP）的定量蛋白质组、转录组及甲基化分析数据进行了整合分析。从鉴定到的27000余条转录本，6000余个蛋白和15000余段差异甲基化区域（differentially methylated regions，DMRs）中，分析出与早期分化相关的协同作用的分子变化。文章数据揭示出493种转录因子的转录本与628条lncRNA的差异表达图谱，并找出了HSCs中重点的特异表达群。同时还发现了在HSCs分化过程中的起关键作用的转录本亚型动态调控模式，以及与MPP2细胞多能性相关的细胞周期/DNA修复特征。文章在造血层级系统的顶层提供了一个综合的全基因组的分析资料，便于探讨涉及分子、细胞、表观遗传的机制调控。
图1. 转录组及蛋白质组差异表达分析
图2. 基因表达特征谱及转录本亚型调控
3.2案例二：转录组+蛋白质组+代谢组参考文献： Quirós PM , Prado MA, et al. Multi-omics analysis identifies ATF4 as a key regulator of the mitochondrial stress response in mammals[J]. Journal of Cell Biology , 2017 , 216 (7) :2027文章内容：通过分析四种线粒体应激处理后细胞转录组、蛋白质组和代谢组的变化，发现ATF4基因是线粒体应激调控的关键基因。
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